如这等作战方式，孙传庭也是第一次实践。想他在潼关对付各路反王，军饷都难以发放，士兵甚至要忍饥挨饿作战，哪里能够这般奢侈火器开道。

孙传庭在辽东与满人打得火热，这边王永吉收复京师也没有遇到许多波折。正所谓希望越大，失望越大，当初京城百姓多恨朝廷，如今到了闯王身上就要翻十倍百倍。

朝廷的军队才开始攻城不久，早就潜伏城内的探子就袭击了城楼，开门放官军进城。面对数倍于己的官军，早就吓破胆的闯军已经没了战意，有些人试图隐藏在百姓之间，却有被城中的百姓举发出来。

这几个月，闯军在京城所作所为早已经天怒人怨。北京城从达官贵人到平民百姓对大顺军一个个都恨不得吃其肉寝其皮，哪里容得这些人藏于民间。

李自成不待城破已经出城向西逃命，安剑清带领锦衣卫追捕。早在王永吉收复北京城的战役开始前，一直缩在西北装死的吴三桂也奉命开始还击败，迅速收复潼关等闯军占据之地。

待王永吉收复京城，闯王败退出逃消息传出。各地留守的大顺军人心溃散，吴三桂一路势如破竹。随后李自成被锦衣卫围捕自杀与阵前，轰轰烈烈的闯王一路没落了。

明军重新掌控京师，王永吉迎皇后和太子回宫。李自成、牛金星等疯狂敛财数千万两，逃命之时绝大部分金银珠宝无法带走，都被明军收缴。这笔钱，石慧自然不会好心的还回去，理所当然的冲入国库。

明军先奉回崇祯皇帝遗体安葬于皇陵，留守南京的文武大臣赶赴京城，拥立太子登基，奉皇后为太后。九月底，辽东战事结束，孙传庭全歼多尔衮及其入关八旗兵四万，满清损失惨重。

次年，新帝改元元启，下令大赦天下，允各路反王及李自成余孽清明之前缴械投降，既往不咎。感百姓饱受流寇之苦，朝廷免赋税三年。

二月，令王永吉镇守辽东，孙传庭与吴三桂分两路自平各地反王。俘虏或招安的流寇择取部分改编重入军中，部分发配人口锐减之地分给田地就地安置。朝廷已经第三年推广玉米、红薯，颇有成效，饥荒大为减少。随着《疫病防治方略》在各地方官府落实，各地役症大为减少。

清明之际，朝廷诏令除却平国乱有功宗室弟子凭功论赏，其余未曾为国效忠宗室削除宗室籍册，转入各地普通百姓籍册。即日起，宗室三代后列入百姓籍册，若宗室自己有功于国方可赐予爵位。同时，允许宗室子弟参与朝事，可科举可参军。